云南水运规划设计研究院前身为云南省交通厅水运规划设计所，成立于1956年。2002年8月，经省财政厅批准，由事业单位改制为国有企业。2008年更名为云南水运规划设计研究院，隶属云南省航务管理局。2016年8月，经云南省交通运输厅批准，整体划转云南省港航投资建设有限责任公司管理。2017年11月30日，根据《云南省交通投资建设集团有限公司关于印发省交通运输厅所属56户企业经营性国有资产划转接收整合方案的通知》?（云交投发〔2017〕200号）,由云南省交通规划设计研究院接收整合。企业注册资金为414.76万元。单位属性为全民所有制国有企业.