南航云南分公司成立于2017年12月，主要负责协调云南省内7个通航机场（昆明、大理、丽江、保山、腾冲、香格里拉、西双版纳、思茅），目前通航北京、上海、广州等33个城市，共计32条航线，每日出港航班为40-42个航班，月出发航班量基本保持在1200班以上。云南分公司作为南航股份公司在云南地区的客货运营保障基地，承担着股份公司及各分子公司在云南境内航班的客运销售、货运销售、地面服务保障、票证结算等工作。